2011年度生命システム論講義ノート

お知らせ:
*本講義は学部講義「数理生物学」の後半に位置づけられます。
「数理生物」未受講者および復習したい方は、 こちらのページも参照して下さい。
*講義資料の一部は順次このページで公開して行きます。(2011.9.28)

講義資料:
第1回目~第3回目までのスライドの講義資料はCourseN@viに掲載しますので、Waseda-net portalからlog-inして下さい。
[参考:古いバージョンです]2010年度講義資料全ページ (2010.12.1)

参考文献:
1. 非線形ダイナミクスについての良い入門的教科書
Unserstanding Nonlinear Dynamics, Daniel Kaplan and Leon Glass, Springer (1995)
Nonlinear Dynamics and Chaos, Steven H. Strogatz, Addison Wesley (1994)

2. 同期現象, 位相ダイナミクス
(1)専門書:同期現象一般, 位相ダイナミクス含む
Synchronization: A universal concept in nonlinear sciences, Cambridge Nonlinear Science Series 12, A. Pikovsky, M. Rosenblum and J. Kurth, Cambridge (2001)

蔵本由紀, 河村洋史著, 同期現象の数理, 非線形科学シリーズ 6, 培風館 (2010)

(2)位相ダイナミクスについての解説(第4章)
リズム現象の世界, 非線形非平衡現象の数理(1), 蔵本由紀編, 東京大学出版会(2005)

(3)解説論文:位相ダイナミクス, 位相応答曲線
G. B. Ermentraut, The Mathematics of Biological Oscillator, Methods Enzymol, 240, 198-216 (1994)

(4)解説, 時間生物学者向け:位相応答曲線
C. H. Johnson, Phase Response Curve: What can they tell us about circadian Clocks?, Circadian clocks from cell to human, edited by T. Hisohige and K. Honma, Hokkaido Univ. Press, Sapporo, 209-246 (1992)

(5)対称系の結合セル系 ゴルビツキー, スチュアート, 対称性の破れとパターン形成の数理, 丸善 (2003)
(M. Golubitsky and I. Stewart, The symmetry perspective, Birkhauser (2000))

(6)その他のネットワーク
英語の良い総説:
M. E. J. Newman, The structure and function of complex networks. SIAM Review, 45, 167-256 (2003)
R. Albert and A. L. Barabasi, Statistical mechanics of complex network, Reviews of Modern physics, 74, 47-97, (2002)
日本語の入門書:
増田直紀, 今野紀雄, 複雑ネットワークの科学, 産業出版(2005)

3. パターン形成
(1)専門書
Mathematical Biology, J. D. Murray, Springer (3rd Ed., 2001)
(2)あえて日本語でというなら
生物に見られるパターンとその起源, 非線形非平衡現象の数理(3), 松下貢編, 東京大学出版会(2005) パターン形成とダイナミクス, 非線形非平衡現象の数理(4), 三村昌泰編, 東京大学出版会(2005)